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1946年2月，南京国民政府行政院会议决定，将故宫博物院由战时的教育部管辖单位，再直接归属行政院，马衡依旧为院长。1946年年底，行政院又对古物陈列所及已改称中央研究院北平历史博物馆的国立历史博物馆的归属做了决定，其中：一、古物陈列所由内政部下属单位划出，建筑、人员以及留在北京的古物归属故宫博物院。并再次重申，古物陈列所南迁留在南京的古物，归属中央博物院筹备处。二、中央研究院北平历史博物馆归属中央博物院筹备处。
1947年9月1日，故宫博物院接收古物陈列所交接工作正式开始，组织成立了接收委员会，马衡指定张庭济为接收主任委员，与古物所副所长张允亮办理交接。
古物陈列所的交接过程并不顺利，延搁时间较长。推进迟缓还是历史原因造成的，陈列所人员在级别安排上存有落差，心理上有所排斥。这一点从当时行政院秘书处给内政部一封接一封的协调函中可见端倪。
古物陈列所留京文物的清点工作从1948年3月开始，差不多9月份初步整理出眉目，至1948年12月，古物陈列所的交接工作完毕，包括整理出福开森1934年秋捐赠金陵大学文物。至此，古物陈列所的留守文物，完全归属于故宫博物院。这样，1914年成立的内务部北平古物陈列所，经过34年的风雨洗礼，历经北洋政府、国民党政府、伪华北政府、光複后国民党政府，正式退出了历史舞台，消失在历史迷雾中。
位于故宫午门五凤楼的国立中央博物院筹备处北平历史博物馆，由于中央博物院筹备处的东归複员及随之而来的国共内战而无暇顾及，1948年12月中央博物院筹备处委托北京大学移交接收。
古物陈列所原副所长张允亮留任故宫博物院，古物陈列所其他人员除少数离职外，其余均由故宫博物院分别安置任用。故宫的一院一所终归一统，故宫博物院于神武门、午门、东华门、西华门四处同时售票，各殿堂按品类系统陈列，摆设均恢複历史原貌。
在重庆，西迁国宝文物东归还都的日子近了。对于故宫博物院和中央博物院筹备处陪同国宝坚守了近十年的知识分子们，此刻最贴切的诗词，就是杜甫的《闻官兵收河南河北》：
剑外忽传收蓟北，初闻涕泪满衣裳
却看妻子愁何在，漫卷诗书喜欲狂
白日放歌须纵酒，青春作伴好还乡
即从巴峡穿巫峡，便下襄阳向洛阳
为答谢川中父老，故宫博物院还特意举办一次故宫东归文物答谢展。由故宫博物院乐山办事处从其所存放的历代名家画作中挑选出百幅精品，在成都中正公园民众教育厅展出，并编印《故宫书画在蓉展览目录》，成为抗战胜利后文化史上一大盛事。
两院的东归文物起运始于1947年5月，除了国子监的石鼓等笨重之物，动用十辆汽车只能走陆运之外，其余大部文物皆是长江水运，由重庆抵运金陵，“即从巴峡穿巫峡，即从重庆到金陵”，迁回南京仍旧存进朝天宫的永久库房，至年底12月9日完成全部文物东归工作。
按抗战前的规划设计，南京作为国民政府首都，政治中心，也是成为文化中心。南京的国家级的博物院两个，一个是中央博物院，一个故宫博物院南京分院。此外，还有南京古物研究所等等。中央博物院筹备处还都后，继续之前未完的在建工程，按辽代殿堂风格建造新馆，馆藏品也新增了南京清损会收回的毛公鼎、后母戊大方鼎等重器。此时，教育部次长杭立武接任李济为筹备处主任，曾昭燏因在清理、分运工作中担负重任，不负众望，实际负责筹委会的日常工作，为筹备处代理总干事。
故宫博物院南京分院的院址和库房在朝天宫，此时，朝天宫文物仓库的现状是，1937年底未及运出的留守文物，一部分是中央博物院筹备处的，一部分是故宫博物院南京分院的。1947年底从重庆运回的西迁文物，故宫博物院的重新入库。因中央博物院的文物因为新馆在建，中央博物院的东归文物也全部寄藏在朝天宫仓库。
故宫博物院南京分院既然成立，当初之南迁文物亦难再北还。当初周肇祥等人的担心，不幸而言中正成为事实。期间，马衡曾建议将故宫博物院的南迁文物回运北平本院，未果。
此后，1947年5月故宫博物院又重新恢複了专门委员会，公布了《国立北平故宫博物院专门委员会暂行章程》（八条），决定设立九个专门审定委员会，即：
书画审定委员会，陶瓷审定委员会，铜器审定委员会，美术品审定委员会，图书审定委员会，史料审查委员会，戏曲乐器审查委员会，宗教经像法器审查委员会，建筑物保存设计委员会。
院长聘请专门委员及通信委员47人，除故宫三馆一处的掌门及为自然委员外，社会外聘的均为名冠当时的收藏大家或文博大家：
如书画类委员：张伯驹、张珩（葱玉），张爰（大千），吴湖帆、蒋毂孙、朱家溍、邓以蛰、徐悲鸿。
瓷器：胡惠春、吴荣培。
铜器：于省吾、唐兰。
建筑：朱启钤、梁思成、俞同奎。
史料：陈垣、陈寅恪、胡适、启功、赵万里。
此时，故宫博物院文献馆馆长沈兼士天不假年，英年早逝，张允亮在古物陈列所合并故宫博物院后，改任图书馆馆长，古物馆馆长为徐森玉，总务处处长张庭济。
1947年9月份，马衡自南京返北平故宫博物院，主持本院工作，时年66岁。马衡到北平后通过广播电台发表《抗战期间故宫文物之保管》专题演讲，随后公布派遣总务处长张庭济去南京主持故宫博物院南京分院的事项，主要工作还是清点整理朝天宫的文物。
但张庭济尚忙于在北平与张允亮交接古物陈列所，一直未能赴任，直到……
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