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隆庆二（1568）年三月，松江府。徐阶的长子徐璠此时为找严氏宝藏正在松江府全力搜捕严世藩的小妾。这一阵搜捕，几乎调动了松江从府到县的各级官差衙役，把松江府上下搅个天翻地覆。一时间，松江当地的百姓们十分惶恐，直到官府贴出榜文要捉拿严世藩的小妾的消息公布，众百姓才恍然大悟。于是，面对官府丰厚的举报赏赐，松江府各县的百姓也是闻风而动。松江府华亭县。此时正值春播时节，大多数农家正在田里进行着农忙活动，只有严世藩小妾孙氏的娘家人一直在担惊受怕。这孙氏真名孙芸娘，松江府华亭县人氏，原本是出身本本分分的普通农耕人家，因父母贪爱严世藩的赠与的财宝，也不管她愿意与否，便将她送嫁给严世藩当小妾。当时由于得了严家的庇护，他们家在乡里春风得意，进了县衙连县官老爷都得给他们家几分薄面，但是，自嘉靖四十二（1562）年，严氏父子倒台以来，他们家便风光不再。后来严府被抄家，女儿孙芸娘便从江西分宜避难返回娘家。这时候的孙芸娘从原来父母族人眼里的香饽饽变成了一文不值的弃妇，家中的待遇自然天差地别。后来严世藩被朝廷斩首，严家複起无望，女儿又被官府通缉，孙氏父母一面不舍女儿被官府抓捕，但另一面也不希望被她牵连亲戚族人，就与她断绝了父母儿女关系，赶紧把她送到华亭县乡下的集贤乡，她的姨母家躲了起来。孙芸娘无奈，只得接受。但是过了不久，姨母与姨父也开始嫌弃孙芸娘严世藩妾室的身份，更担心自家会被孙芸娘牵连，于当年四月初就赶走了孙芸娘。可怜的孙芸娘无处可去，开始流落街头，到处乞讨。四月初的某日，孙芸娘寓居上海县的某处破庙，当时正值雷雨狂风大作，忽然从破庙外躲进来一个身强体壮的大汉，孙芸娘看到了他不自觉地害怕了起来，蜷缩在破庙的一处角落。她既担心这个陌生男子会对自己欲行不轨，也担心他会识破自己的容貌将自己告发到官府。正当她六神无主之时，男人也发现了蜷缩在角落里的她。孙芸娘不敢和这个男人对视，将自己的头深深地埋了下去，身体也不自觉地发起抖来。
而这个身强体壮的大汉正是徐光启父子的救命恩人凌志云，他今天正好去了集市做了一趟买卖，因为出门临时忘了带上斗笠和蓑衣，被大雨淋成了一个落汤鸡，只好紧急躲进了这间破庙。凌志云和女儿凌瑶儿自从放弃了鄱阳湖上的渔家生活以后，应徐思诚邀请来到松江府上海县过起了安定的农耕生活，虽然比以前漂泊不定的生活要好了很多，但是所获收入依然是仅够父女俩满足温饱而已，所以偶尔还是要经常出去打打鱼，去集市上贩卖换点果蔬。他看到了孙芸娘以后，发现她浑身颤抖，以为外面天气阴冷的缘故，于是心善的他就在破庙内找了一堆柴火，点了起来。他热情地招呼孙氏过来和他一起烤火，但是孙芸娘没有理会。凌志云以为女人害怕陌生人，所以就不好意思再靠近去招呼她。就这样，两人保持着一段距离静静地呆坐了一个时辰，这时候，房间里由于火堆越来越大的缘故，变得越来越暖和，凌志云把身上的衣服裤子脱下来放在篝火旁烤干，孙芸娘因为好奇，偷偷地抬眼看了一下凌志云，却看到了他粗犷有力的臂膀和肌肉发达的胸膛，羞红了脸连忙低下头。又坐了一会儿，凌志云发现时间已经临近中午，腹中饥饿，肚子里“咕咕”的叫，于是就从随身携带的袋子里拿出了女儿今天做的烤饼，大口的嚼了起来。蜷缩在角落里的孙氏闻到了烤饼的香味，馋得直流口水，肚子里“咕咕”的声音越来越响，不断地发出饥饿的信号。
凌志云听见了女人饥饿的声音，看着她蓬头垢面、面黄肌瘦的样子，心生怜悯，就从袋子里拿出另一块烤饼，对着她怜惜道：“姑娘，我手上还有一块烤饼，如果你饿了，就拿去吃吧。”孙芸娘这时的心里本来还有一丝害怕，但是当她看到凌志云手里的烤饼时，对食物的渴望让她忘记了一切顾虑，连滚带爬地过来抢走了凌志云手上的烤饼，躲回到破庙的角落里津津有味地咀嚼起来。
凌志云看着女人狼吞虎咽，怕她吃噎着，又拿出一个水囊给她道：“姑娘，慢点吃，别噎着，我这里还有水。”
孙芸娘此时逐渐放松了警惕，接过了水囊，一边吃着饼一边就着水喝，吃得十分香甜。凌志云关切地询问道：“姑娘为何四处流浪，家里是否还有什么亲人？”女人默默流泪，仍旧默不作声。
此时，凌志云正背对着她，见她不说话，便自言自语起来：“虽然我们都是出身穷苦人家，但是我比姑娘要好一些，至少还有一个家，有一个聪颖乖巧的女儿。”说完，他不自觉地笑了起来。
孙芸娘依旧默不作声，但她心里的戒备之心逐渐放下，刚才满面的泪水也擦干了。凌志云看看天色，原来阴云密布的天空已经逐渐放晴。站起身，穿上烤干的衣服便要离开破庙，他向孙芸娘告辞道：“天色不早了，大雨也歇了，我和姑娘萍水相逢也算是有缘。”转身从衣服的袖子里拿出两个铜板，同情道：“姑娘，我也没什么可以帮你的，今天在集市上卖了两条鱼，换了些钱，留给你两个铜板，暂且去买两个馒头预备下顿饭充饥吧。”
此时，孙芸娘的心中从感谢变成了感恩、感动，她的脸上再次挂满了泪水。凌志云是最见不得女人哭的男人，赶紧劝慰道：“别哭，别哭。姑娘，每个人都会遇上最艰难困苦的时候，我们正应当在此时互相扶持，常言道：‘救人一命胜造七级浮屠’。我做件好事，也算功德无量吧。”
听了凌志云一番肺腑之言，孙芸娘更是禁不住泪水扑簌簌地流下来，她下跪哭求道：“好心的大哥，求你收留妾身这个无处容身的可怜人吧。妾身愿意给你当牛做马来报答你的恩情。”凌志云赶紧弯下腰扶起她道：“姑娘不必行此大礼。姑娘如果一时无处可去，那就到我家暂住，等联系上家人亲戚再去投靠吧。”
孙芸娘不肯起身，朝地上重重地磕头道：“妾身已经没有父母亲人了，求好心的大哥收留妾身吧。”三跪九拜，哭求不已。凌志云看着女人可怜，本来心中犹豫了一下，最后只好点头答应道：“好吧。”
于是，凌志云就把孙芸娘带回来了家好生养护了起来，脸色渐渐恢複了生气，又和以前一样美了，而凌瑶儿因为从小缺了母爱，看到父亲带了个姐姐回来也很高兴，于是两人互相体贴、互相照顾，一起做家务、做农活，孙氏还教凌瑶儿读书识字，俨然一对恩爱母女的样子。只是孙芸娘一直不敢透露自己真实的身份，她怕给凌家父女引来灾祸。而徐思诚的妻子钱氏知道救命恩人凌志云找到了一个可心的女人后，就经常跑到凌志云家里劝她嫁给凌志云这个暖男单身汉，孙芸娘心中确实愿意，却始终没有真正点头答应。就这样，日子一天天的过去，三人的感情越来越深，在别人看来俨然是一家人了。
这段时间，武当山上的徐光启和凌瑶儿一直通信，传递彼此的思念。当他知道妹妹有了个准新妈妈后，心里别提有多高兴了，他也希望凌瑶儿有一个完整的家，当然他更想早点从师傅那儿学好本领，还俗回家，天天和瑶儿妹妹一起快乐的生活。但是，自从李时珍来到武当山拜访以后，徐光启就决定暂时要沉下心来认真学习李太医的医学宝典，想着将来要帮助他完成出版一本医药学名著，造福天下苍生。隆庆二（1568）年七月初的某日，张铭九和徐光启一起又来到“洞天福地”研究炼丹，他俩还把医学大师李时珍也带了进来，李时珍本来一直不肯，因为他知道这“洞天福地”是武当山历代观主的闭关修行之所，非武当的门徒是不可以轻易进入的，但是张铭九力邀，李时珍推托不了，干脆也就跟着一起进来了。
李时珍一进这炼丹的药房后，除了觉得炼丹用的大铜炉很正常外，屋子里的其他摆设着实震惊了他，因为这和他想象的道家炼丹房完全不同，徐光启看着他惊愕的脸色，从容不迫地指着这里摆放的各种物品一一地介绍道：“这里是‘洞天福地’的医学实验室，左边的柜子上的瓷瓶上贴着各种药品的标签，里面存放着各种药品，右边的桌台上摆放着各种化学实验仪器，比如：铜制的导管、器皿、量杯等。”
李时珍仔细看了看，器物的内壁上面还标着一层层的刻度尺与数字。徐光启继续道：“任何一种药品的研发都要经过精确的数据测量和记录，以便清楚如何定量配药。”在经过了配量、熬制或者烧制的基础上，再做成药丸。药丸要经过各种动物实验，比如给猪啊、狗啊、小老鼠啊等等小动物先吃，记录药品的反应和效果，如果药品没有问题再给病人尝试治疗，并且记录病人治疗后的身体状况，进一步作药品的情况说明。”
作为太医，李时珍虽然对药品的具体种类和重量匹配有一定的了解，但是如此细致的数据精确测算的确是第一次听说，而且还有分期的动物实验和人体实验以及数据记录。李时珍这时才明白武当山的道家医学显然要比民间医学要仔细得多。
张铭九看着小徒徐光启说的头头是道，心中也十分宽慰，与徐光启相处的一年多时间里，他也学到了不少新鲜的知识。李时珍询问道：“假如我把最近从山上采摘的药物拿来进行调制丹丸，又怎么清楚它的具体药䗼如何呢？”
徐光启解释道：“先是获取中草药的样本，进行各种实验器皿化学反应，比如果如里面含有石灰成分，遇水则会形成氢氧化钙，如果里面含有氯化钠、葡萄糖等成分，遇水会稀释，用土壤分别有各种植物的酸碱䗼等等。各种自然界的有机物和矿物质在人体的中作用都不一样，因此我们只有分析出它的真实成分，才能了解这些药物能否治病救人。”
李时珍此时的震惊和好奇完全不输于之前的张铭九，他好奇地问道：“何谓氯化钠？何谓葡萄糖？何谓氢氧化钙？”
徐光启眼见李时珍的问题越来越深入，就又像之前给师傅张铭九讲解时的那样，给李时珍讲了化学周期元素表和无机化学、有机化学的各种知识。李时珍被眼花缭乱的各种元素字母和各种化学反应方程式迷花了眼，由于没有化学知识基础，李时珍一时间无法接受那么多原理䗼的东西。于是，徐光启就从最简单的碳元素介绍起化学。一天下来，讲的口干舌燥的徐光启成为了两位老师傅追问学识的焦点。为了验证每一个化学知识的具体理论，到了第二天，徐光启还给他们一步步地演示了各种化学实验的过程，其中关于磷的知识，不仅做了燃烧的实验，而且徐光启还做了理论推介：人体中是含有磷的，因此晚上我们路过坟地时会发现隐隐约约的鬼火，吓得人以为真的“鬼”来了，其实是人死亡后磷分解了出来，因为磷它本身的燃点低，在空气中自燃就成了正常现象。李时珍不断地在学习中刷新对自然界的认识，张铭九虽然比李时珍懂得多一些，但是这么多奇妙的化学实验的确也是第一次见到，于是，两人从此都开始痴迷于化学的学习。徐光启就自然而然成了他们的小老师。同时，李时珍介绍起他这几年采集并记录的各种中草药，介绍它们各种特䗼，并依照徐光启讲授的化学知识进行一一验证。三人将医学和化学结合，研究并制成了大量治疗咳嗽、伤寒、发炎、腹泻、发烧等一些常见疾病的药物。
于是，李时珍开始利用自己原来的太医院太医身份在武当山紫霄宫的偏殿行医就诊，徐光启和他的师兄弟们则在武当山上给求道治病的信众们抓药，而他们也只收取低廉的成本费。由于李时珍高明的医治水平和良好的中草药效果，被治愈的信众越来越多，名气也越来越大，来自各地求治各种疑难杂症的信众也就更多了。
隆庆二（1568）年八月三日，李时珍发现从武当山下十堰镇上来的某个求医的病人出现了高热和眼睛出血的现象，他从病人的病状推测出山下可能发生了瘟疫。于是，他迅速要求武当山所有道士和信徒全部做好瘟疫防护措施，并且将病人和近距离接触的人都放置在一个用熏草消毒过的隔离病房进行相应的治疗。同时，李时珍去了感染病人的家里，检查了病人的使用过的碗筷、食物和水，同时发现了他屋子里几只死老鼠，从而推断了他的病因：鼠疫。于是他紧急向当地官府报告，进行了有效的隔离防护，及时扑灭了瘟疫的大规模爆发。但是感染了鼠疫的病人却因为施救方法有限，遗憾地去世了。这次意外事件，使李时珍意识到去寻访更多中草药和治病处方的急迫䗼，于是在武当山上仅仅待了三个月之后，就于当年九月，匆匆辞别了张铭九师徒，继续去各地名山大川寻访去了。徐光启在李时珍离开前，和几个师兄弟将他带来的医药典籍一一誊抄了一遍，作为武当山的医药宝典之一留了下来。
李时珍离开以后，徐光启和师傅张铭九就依照他留下来的处方来给病人继续瞧病治病。在师徒二人的共同努力下，治愈了很多罹患疑难杂症的病人。一日，两人忙完给病人问诊抓药之后，张铭九照例将徐光启叫到紫霄宫一起做晚课。念经时，张铭九看着渐渐长大的徐光启，忽然大脑中灵光一闪，问徐光启道：“玄扈，你这两年来在我武当修炼，身体和学识都长进了不少，但不知你对我道家济世为怀的慈悲之心是否明了？”
徐光启立时明白这是师傅张铭九这是要和他谈论人生哲理了，于是他沉思了一会儿，将近年来心中的所思所想缓缓道来：“我道家自太上老君创立成派以来，敬奉各路天帝，相信举头三尺有神明，所以修道成仙和佛家所言的普渡众生一样，都带着对神明的敬畏之心和寄托来世的美好心愿。那么这世界是否真的有来世呢？我们今天看到的就是我们自己现在的这一生，来世或许真的有，或许真的没有，但我们并不能因为对来世美好的憧憬而放弃拯救现世苦难的人们。这就是我们道家济世为怀的慈悲之心吧。”
张铭九笑了笑，道：“世间万事万物都离不开一个理字，而理在心中。人心善，则看待万事万物都是善的，以善対善，世间便会变得更加美好；人心恶，则看待万事万物都是恶，，以恶对恶，世间便会变得更加邪恶。所以，每日静思己过，反省自身，人心去伪存真，带着美好的心愿去救苦救难，这才算是求得我道家的真谛。玄扈，天上存在的真神只是让我们更加敬畏天地自然，心中每每念及有它，每日的反省才会坚持不懈。”
徐光启顿时明白过来张铭九今天要给他讲哲学的目的了，略微笑了笑，道：“师傅，您谈的是王阳明先生的学问吧？”
张铭九也微笑着点了点头。然后问道：“你对王学也有所耳闻吗？”徐光启回答道：“大先生徐渭曾经和徒儿讲过王学，其中理论思想虽然伟岸，但徒儿自己对王学还有着另外一番解读。”
张铭九睁大了眼睛，好奇道：“徒儿有哪些新的解说呢？”
徐光启缓缓地解释道：“世间万物因缘而生，因缘而灭。缘起缘灭都是本身就在人的意识之外，所谓心中有理，无非是客观事物在人脑中思考的主观反映，人的意识并非先于客观事物存在，而是先有客观事物存在才会影响人的主观意识，比如徒儿每日和师傅研制丹药，都是人对客观存在的事物进行分析理解之后，然后我们心中的良知才会驱动我们去济世救人。”
顿了顿，继续道：“在徒儿看来，人心中的善与恶不仅存在于人本身的意识之中，也存在于人所处客观世界，当这个世界充满了真爱友情，人就容易将恶念消除，当这个世界充满了尔虞我诈，人就容易将善念消除。因此，人求得内心的平衡与改善客观存在世界一样重要。我记得春秋时齐相管仲曾言：‘仓廪足而知礼节，衣食足而知荣辱。’他认为，既然对神灵的敬畏无法抚平人内心的邪念，不如改善人们的生活条件，再施以律法约束。总之，人心似海，人心善恶更是无法预测。恶念忽生之时，良善之人会变成地狱修罗的魔鬼；善念产生之时，十恶不赦的坏人也会有人之将死其言也善的壮举。”张铭九被他的新论给震动了，进一步询问道：“那么刚刚你谈到良知，你又如何看待呢？”
徐光启活络的大脑又思考了一下，阐释道：”良知者，字面看即是美好的学识，学识在世间万物之中，而人天䗼的善是要靠我们不断地学习知识和反省自身的双重努力去发掘和启动的。王学有一点说得很对，致良知，要知行合一，他批判了崇奉朱子之学的那些道貌岸然的伪君子，比如：朝廷里某些大员，一边成天鼓吹忠君爱国、清廉自守，一边却想着通敌卖国、贪污腐败。而真正的君子从来不看重每天自己在说什么，而是看重自己每天在做什么。”
张铭九满意地点点头，笑道：“孺子可教啊。”徐光启看着师傅开心的样子，却忽然反问了一句：“师傅，你觉得朱子之学和阳明之学又有什么弊端吗？”
张铭九一直崇奉儒释道三教合一，对王学也极度崇拜，一时间确实无法回答，被问得愣住了。徐光启看着师傅不说话，自问自答道：“无论是朱熹的理学还是阳明先生的心学，对一般人的要求都实在太高了。实际上，人们在世间的品行品䗼千差万别，如果对他们一律高要求严标准其实也是不对的，常言道：宽以待人，严以律己。这种标准我们自己愿意遵守就遵守，没必要让人人都接受儒释道的教化和科举考试的洗礼，从而让天下学子人人皆以此标准学习。强硬的要求反而让人变得更加虚伪，不如做人简简单单，一句话，穿衣吃饭就是人伦物理。水至清则无鱼，天下没有真正的神人和圣人，孔夫子曾说，万事以中庸之道才是真谛，作为普通人，我们能做到达则接济天下，穷则独善其身就可以了。”
张铭九再次被震动，喃喃自语道：“穿衣吃饭即是人伦物理……这真的是前所未有的妙论啊。”或许，他此刻才感悟到这世间的妙论并非只是儒释道和王学才有。
徐光启看着师傅陷入沉思，怕动摇他内心的信仰，笑道：“师傅不必在意徒儿的戏言，所谓真理越辩越明，徒儿的立论也不过是暂时看似……
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